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1978年，樊赛军高中毕业后考进了苏州医学院（苏州大学医学部前身）放射医学系。大学毕业时，许多同学回到本地医院当医生吃稳定饭，但樊赛军却在他的毕业分配志愿书上一口气填了三个北京的科研院所。“要做科研，就要到中国最有发展空间的地方去搞科研”，1984年秋，樊赛军来到北京中国原子能科学研究所工作。
4年后，希望站在近处触摸科学脉搏的樊赛军成了当时为数不多自费出国的留学生，进入瑞士苏黎世大学放射生物研究所和瑞士联邦放射研究所工作深造。1989年底，他顺利地考入英国Leicester大学攻读博士学位，从事放射损伤研究。1992年，他又进入了美国国立癌症研究所从事博士后研究工作，着手人类乳癌易感基因、肿瘤抑制基因与放射敏感性相关的研究。1996年，樊赛军受聘为纽约爱因斯坦医学院副教授。他的课题“乳癌易感基因BRCA1调节雌激素受体的活性研究”产生了多项重要成果，已在众多国际权威学术杂志上发表。
在外拼搏了多年，樊赛军一直在寻找报答母校的机会，而求贤若渴的母校也向他张开了双臂。2004年，樊赛军受聘为苏州大学放射与公共卫生学院，成为苏大第一位向海内外公开招聘的特聘教授。2008年全职回到苏州大学工作。
如果从经济上考虑，樊赛军的回国是得不偿失的。樊赛军在美国拥有自己的实验室，精良的装备和充足的经费，是名副其实的“小老板”。他的朋友甚至不理解为何他会放弃北京、上海这些科研条件更好的大城市而选择苏州。樊赛军的回答是，我回来，就是因为心里牵挂着母校，就是想为母校和祖国做些自己力所能及的事情。
受聘苏大后，樊赛军教授领导研究团队在高效电离辐射防护新药、急性辐射损伤救治新药以及辐射损伤机制等方面做了大量工作。樊赛军教授领导研究团队分别获得了教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队以及苏州市肿瘤放射生物学重点实验室。樊赛军教授本人先后获得了“江苏省333高层次人才培养工程”首批中青年科技领军人才，江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目和优秀人才奖等奖项。目前，樊赛军教授在引领国家放射医学的发展，争创国家“急性辐射损伤防护与救治”研发基地和国家实验室正发挥着放射医学领军人物的重要作用。
